Κατοικημένη απο το 4000 π.Χ., η Αμοργός παίρνει το όνομά της απο το σπάνιο φυτό με το όνομα Μούργος απο το οποίο εκχύλιζαν κόκκινη βαφή γαι τον χρωματισμό των αυτοκρατορικών χιτώνων.

Μετά την περίοδο πλήρους ευημερίας των Κυκλάδων, απο την οποία διασωζονται ενδιαφέροντα ίχνη, κατα την Ελληνιστική περίοδο ήταν υπο την κηδεμονία των Αθηναίων και απετέλεσε μέλος της Συμμαχίας της Δήλου.

Στη συνέχεια βρέθηκε υπο την κηδεμονία των Μακεδόνων και μετέπειτα των Ρωμαίων.

Παρέμεινε υπο την Ρωμαῑκή Αυτοκρατορία (Ρώμη και Κωνσταντινούπολη) για 1350 χρόνια, μέχρις ότου κατακτήθηκε απο τους Βενετούς.

Ϋστερα απο περίπου 300 χρόνια Βενετσιάνικης κατοχής, η Αμοργός κατακτήθηκε απο τους Τούρκους.

Το 1823 ελευθερωθηκε απο την Οθωμανική Αυτοκρατορία και ενσωματώθηκε στο νέο Ελληνικό κράτος.