Amorgos, abitata sin dal 4000 a.c. sembra che debba il suo attuale nome dalla rara pianta del Murgos dalla quale si estraeva una tinta rossa per la colorazione delle tuniche imperiali.
Dopo il prosperoso periodo Cicladico, del quale si conservano interessanti vestigia, nel periodo ellenico fu sotto il controllo di Atene e fece parte della lega di Delo.
Passo’ successivamente ai Macedoni e, quindi, ai Romani.
Nell’impero Romano (Roma e Costantinopoli) rimase per ben 1350 anni fino a quando all’inizio del XIII secolo divenne possedimento Veneziano. Dopo circa 300 anni di presenza Veneziana Amorgos cadde sotto l’occupazione turca.
Nel 1823 guadagno’ la libertà dall’impero ottomano ed entro’ a far parte del nuovo stato di Grecia.